Primavera 2008

Silencioso, apático pero travieso, Miharu Rokujou, de 14 años, es portador del hijutsu, "Shinrabanshou", una técnica poderosa que muchos clanes ninja desean poseer para convertirse en el gobernante de Nabari. Su compañero de clase Kouichi y su profesor de inglés Kumohira son ambos ninjas del clan Banten, comprometiéndose a proteger a Miharu de sus numerosos atacantes.

Manteniéndose apático, Miharu intenta rechazar su invitación para unirse a su ‘club’ de ninjas; sin embargo, después de numerosos ataques, no encuentra otra opción que unirse a su grupo como un medio para su supervivencia. Poco a poco, Miharu se acerca a convertirse en el gobernante de Nabari.