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BONES fue fundado por miembros de Sunrise, principalmente por Masahiko Minami en compañía de Kōji Ousaka y Toshihiro Kawamoto en octubre de 1998. Su primer proyecto fue la colaboración con Sunrise en 2001 de Cowboy Bebop: Knockin' on Heaven's Door, una película basada en el anime de Cowboy Bebop.

En 2003, el estudio aumentó su notoriedad con la producción de la serie Fullmetal Alchemist, que fue un gran éxito tanto en Japón como en Occidente e incluso fue el tema para una película estrenada en 2005, Fullmetal Alchemist: Conquistador de Shamballa.

En 2007, el estudio sufrió la pérdida del cofundador Hiroshi Ōsaka, conocido por sus trabajos como diseñador de personajes de Mobile Suit Victory Gundam, Mobile Fighter G Gundam o The Mars Daybreak. Ōsaka había estado luchando contra el cáncer, sin embargo, sucumbió a la enfermedad el 24 de septiembre, a la edad de 44 años.

Desde la muerte de Hiroshi Ōsaka, dos nuevas incorporaciones ocupan el puesto de director. Ellos son Makoto Watanabe y Takahiro Komori. Komori es conocido por sus trabajos como diseñador de personajes y animador que ha estado desde el inicio de la compañía. Sus trabajos anteriores como diseñador consiste en Angelic Layer, Scrapped Princess y Darker than black.

El 31 de enero de 2018 el servio de streaming, Netflix, anuncio una alianza con los estudios de animación Production I.G (juntos algunos estudios filiales de su matriz IG Port) y BONES con el objetivo de co-producir juntos nuevas series originales para la plataforma.